VarSeq

Name: VarSeq
Brand: VarSeq
Availability: InStock

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VarSeq 是一款直观、集成的三级分析软件解决方案。使用 VarSeq，您可以自动化工作流程，分析基因面板、外显子组和全基因组的变异。借助我们的软件，理解基因组数据从未如此简单。

软件，科学数据管理系统（SDMS）科学数据管理系统 (SDMS)

VarSeq 介绍

这是什么 VarSeq?

VarSeq 是一款直观、集成的三级分析软件解决方案。使用 VarSeq，您可以自动化工作流程，分析基因面板、外显子组和全基因组的变异。借助我们的软件，理解基因组数据从未如此简单。\n\nVarSeq 软件提供强大的过滤和注释引擎，用于筛选大量变异数据集。通过一系列过滤器，您可以快速缩小变异列表，聚焦最可能感兴趣的变异。确定适合您分析的参数后，您可以保存过滤器状态，以便轻松应用于其他数据集。相同的自动化工作流程可用于每批样本，使 VarSeq 成为高通量环境的理想解决方案。实时过滤让您能够快速原型设计并调整分析工作流程，针对实验室使用的特定基因面板。一旦找到合适的过滤器集，工作流程可以保存并应用于未来的测序输出，无需重新输入任何参数。\n\n导入数据后，注释会根据您预配置的设置自动应用。分析过程中可随时添加额外注释。Golden Helix 团队策划了大量公共数据库，并每季度更新这些数据集。您分析中使用的具体注释会与数据一起本地存储，未经您明确请求绝不更改。这确保您的分析基于稳定数据集，结果可重复且未来可用。\n\nVarSeq 提供两种形式的覆盖度指标。首先，每个变异显示其所在区域的数据。此绑定允许标记或过滤可疑区域的变异，有助于防止假阳性。其次，可以检查 BED 文件中的每个区域。这种分析模式确保所有目标区域均被测序，对于防止假阴性至关重要。\n\nVarSeq 包含类似 SnpEff 或 Variant Effect Predictor 的功能。每个变异映射到所有重叠转录本，并提供其所在区域（外显子、内含子、基因间等）、序列本体（移码、同义等）和 HGVS 标注（g 点、c 点和 p 点）信息。您可以选择针对每个变异的最高影响注释或整个变异-转录本交互集进行过滤。\n\n由于 GenomeBrowse 集成在 VarSeq 中，您可以轻松验证扩增子覆盖度。只需将 BAM 和 BED 文件添加到项目中，直接检查堆积图。GenomeBrowse 提供所需上下文，确保您的上游测序流程正常运行。\n\n导入数据，选择工作流程，开始探索。就是这么简单！无需上传数据，无需复杂参数选择，无需困难文件转换。VarSeq 将分析过程精简至本质，消除所有阻碍工作完成的障碍。